La Universidad Nacional Mayor de San Marcos fue fundada en el año 12 de mayo de 1551. Representó el inicio de la historia universitaria del continente. Los dominicos en sus conventos del Cusco y de Lima, estudiaban Artes y Teología para ejercitar a los antiguos miembros y preparar a los novicios de la Orden. El incremento de los estudios superiores determinó que Fray Tomás de San Martín solicitase fundar una universidad o Estudio General en Lima.

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos: la más antigua de las Américas

La iniciativa eclesiástica fue acogida y recibió un poderoso impulso laico del cabildo limeño. Se nombraron dos procesadores, civil y eclesiástico, los que al término de una feliz gestión determinaron la fundación de la Universidad.
Esta fue hecha por Real Cédula firmada por el rey Carlos V en la ciudad de Valladolid y llevó por nombre Universidad de Lima. Es a partir de 1.574 que toma el de Universidad de San Marcos.
La Universidad inició funciones el 2 de enero de 1553 en la sala capitular del Convento del Rosario de la Orden de los Dominicos, con la concurrencia de la Real Audiencia presidida por el licenciado Andrés Cianca y el enviado de la Corona D. Cosme Carrillo, primer miembro laico del cuerpo docente.
Durante la época virreinal las Facultades fueron cinco. En el período republicano, llegaron a diez. Al inaugurarse los estudios de la Universidad, sus asignaturas correspondían a las Facultades de Teología y Arte.
Con la incorporación de graduados en Derecho aparece la Facultad de Cánones. Luego se crea la Facultad de Leyes. La Facultad de Medicina funcionó en el siglo XVII. Con el Reglamento de Instrucción Pública del año 1850 aparecen dos Facultades: Matemáticas y Ciencias Naturales. Más tarde, fueron unificadas bajo el nombre de Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas. Posteriormente, tomaron el nombre de Facultad de Ciencias.
En este año también se crea la Facultad de Ciencias Económicas y Comerciales. Así que en el siglo XIX, había seis Facultades: Teología, Letras, Derecho, Medicina, Ciencias Políticas y Administrativas y Ciencias.
En el siglo XX fueron organizadas cinco nuevas Facultades, cuatro en el área de Ciencias y una en el de Humanidades. La Facultad de Teología comenzó a tener un régimen distinto en el año 1935 y dejó de formar parte de la Universidad. En consecuencia, en el año 1969 sólo había tres Facultades que procedían de la época colonial: Letras y Ciencias Humanas, Derecho y Medicina.
A partir del siglo XX, muchas carreras motivaron la creación de diversas Facultades. Actualmente la Decana de América cuenta con 62 carreras, distribuidas en 20 Facultades.